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Genkernel は、Genkernel だけが満たすことができるニーズを持つ場合のみ検討されるべきです。そうでない場合は、ディストリビューションカーネルを使用するか自身で手動でコンパイルすることで Gentoo システムの維持がずっと単純になるので、そうすることが推奨されます。genkernel のほうが管理しづらい理由の例のひとつは、sys-kernel/installkernel との統合の欠如です。これは、Genkernel を使用する場合には Unified カーネルイメージを手動で作成する必要があるなどのように、他の手法によって提供されるのと同じレベルの自動化を得られないだろうということを意味します。