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btrfs
Sistema de archivos de nueva generación. Proporciona funciones avanzadas como instantáneas, autorreparación mediante sumas de comprobación, compresión transparente, subvolúmenes y RAID integrado. No se garantiza que los núcleos anteriores a 5.4.y sean seguros de usar con btrfs en producción porque las correcciones para problemas graves solo están presentes en las versiones más recientes de las ramas del núcleo LTS. RAID 5/6 y grupos de cuotas no son seguros en todas las versiones de btrfs.
ext4
Ext4 es un sistema de archivos confiable y multiuso para todas las plataformas, aunque carece de características modernas como reflinks.
f2fs
El sistema de archivos compatible con Flash fue creado originalmente por Samsung para su uso con memoria flash NAND. Es una opción decente al instalar Gentoo en tarjetas microSD, unidades USB u otros dispositivos de almacenamiento basados en flash.
XFS
Sistema de archivos con registro de metadatos que viene con un sólido conjunto de funciones y está optimizado para la escalabilidad. Se ha actualizado continuamente para incluir características modernas. El único inconveniente es que las particiones XFS aún no se pueden reducir, aunque se está trabajando en ello. Es notable que XFS admite enlaces de referencia y copia en escritura (CoW), lo cual es particularmente útil en sistemas Gentoo debido a la cantidad de compilaciones que completan los usuarios. XFS es el sistema de archivos moderno y multiuso recomendado para todas las plataformas. Requiere una partición de al menos 300 MB.
VFAT
También conocido como FAT32, es compatible con Linux pero no admite la configuración de permisos estándar de UNIX. Se utiliza principalmente para interoperabilidad/intercambio con otros sistemas operativos (Microsoft Windows o macOS de Apple), pero también es necesario para algunos firmware del gestor de arranque del sistema (como UEFI). Los usuarios de sistemas UEFI necesitarán una EFI System Partition formateada con VFAT para poder arrancar.
NTFS
Este sistema de archivos de "Nueva Tecnología" es el sistema de archivos insignia de Microsoft Windows desde Windows NT 3.1. De manera similar a VFAT, no almacena la configuración de permisos de UNIX ni los atributos extendidos necesarios para que BSD o Linux funcionen correctamente, por lo que no debe usarse como sistema de archivos raíz en la mayoría de los casos. Debe usarse "sólo" para interoperabilidad o intercambio de datos con sistemas Microsoft Windows (tenga en cuenta el énfasis en "sólo").