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Gentoo usa un sistema simile ai ports BSD chiamato Portage. Portage è un sistema di gestione dei pacchetti che permette grande flessibilità sull'installazione, mantenimento ed aggiornamento dei software. Esso fornisce supporto alle opzioni di compilazione tramite le USE flags, alle dipendenze condizionali, alle installazioni sicure (tramite sandbox), preimpostazioni per casi specifici grazie ai profili di sistema, e configuration file protection - tra le molte caratteristiche caratteristiche. Tutte queste caratteristiche rendono Gentoo un sistema adattabile, che può esser conveniente adatto ad uno specifico utilizzo in caso di necessità, ma che lasciato nella configurazione predefinita si dimostra un ambiente "sano" e semplice.