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Gentoo utilise un système de ports semblable aux ports BSD appelé Portage - un système de gestion de paquets qui offre une grande flexibilité pour installer, maintenir et mettre à jour les logiciels. Portage prend en charge des options de compilation avec les USE flags, des dépendances conditionnelles, l'installation sûre des paquets via un bac à sable (NdT: 'sandbox' en anglais), des cas d'usage par défaut adaptables à l'utilisation grâce aux profils et la protection des fichiers de configuration - parmi beaucoup d'autres fonctionnalités. Toutes ces fonctionnalités fonctionnent ensemble pour faire de Gentoo un système d'exploitation très adaptable, qui peut aisément s'adapter à des usages spécifiques en cas de besoin, mais qui laissé dans sa configuration par défaut fournira un environnement simple et efficace.