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Gentoo utiliza un sistema de paquetes parecido al sistema ports de BSD llamado Portage. Portage es un sistema de gestión de paquetes que permite gran flexibilidad al instalar y mantener software en un sistema Gentoo. Proporciona soporte para opciones al compilar (a través de los ajustes USE), dependencias condicionadas, resumen previo a la instalación de paquetes, instalación segura (a través de sandboxing) y desinstalación de software, perfiles de sistema y protección de los archivos de configuración entre otras características.