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Sim, mas não é trivial, nem recomendado. Uma vez que o método para fazer isso requer bom entendimento do funcionamento interno do Portage e comandos, é recomendado que o ebuild seja alterado para fazer o que o usuário quiser e o coloque em um overlay do Portage (pois é para isso que existe o overlay). Isso é muito melhor para a mantenabilidade e geralmente é mais facil. Veja o Manual do Desenvolvedor Gentoo para mais informações.