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Gentoo usa un sistema simile al BSD ports chiamato Portage. Portage offre un sistema di gestione dei pacchetti che permette una grande flessibilità durante l'installazione e la manutenzione di software in un sistema Gentoo. Fornisce supporto alle opzioni di compilazione (attraverso USE flags), alle dipendenze condizionali, ai sommari di pre-installazione di pacchetti, alle installazioni sicure (tramite sandboxing), alla rimozione di software, ai profili di sistema e allaprotezione dei file di configurazione tra le tante altre funzionalità.