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Gentoo utilise un système de ports semblable à BSD appelé Portage. Portage est un système de gestion de paquets donnant une grande souplesse d'installation et de maintenance. Il offre des options de compilation à travers les variables USE (USE flags), des dépendances conditionnelles, un résumé avant installation des paquets, des installations et désinstallations sûres des paquets (via un bac à sable), des profils système, une protection des fichiers de configuration parmi nombreuses autres fonctionnalités.