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As variáveis CFLAGS e CXXFLAGS definem as flags de otimização para o compilador C e C++ gcc, respectivamente. Apesar de serem definidas globalmente aqui, para máxima performance seria necessário otimizar essas flags para cada programa separadamente. A razão disso é que cada programa é diferente. Entretanto, isso não é viável, por isso a definição dessas flags no arquivo.