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Pakete werden nicht per se "gespeichert". Stattdessen stellt Gentoo eine Reihe von Skripten zur Verfügung, die Abhängigkeiten auflösen, Quellcode holen und eine Version des Pakets kompilieren können, die auf die Bedürfnisse des Benutzers zugeschnitten ist. Generell baut Gentoo nur Binärdateien für Releases und Snapshots. Das Gentoo Developer Manual behandelt den Inhalt eines ebuild Skripts im Detail.