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Gentoo verwendet ein System ähnlich dem der BSD ports namens Portage. Portage ist ein Paketverwaltungssystem das große Flexibilität bei der Installation und Wartung von Gentoosystemen ermöglicht. Es ermöglicht vielerlei Möglichkeiten, unter anderem das Verändern von Optionen zur Bauzeit (via USE flags), bedingungsabhängige Abhängigkeiten, Installationszusammenfassungen vor dem Paketieren, sicheres installieren und deinstallieren von Software mittels Sandboxing, Systemprofile, Schutz von Konfigurationsdateien und vieles mehr.