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O Portage tme a funcionalidade de remover dependências órfãs, mas umas vez a disponibilidades de software é dinamicamente dependênte é importante primeiro atualizar completamente o sistema inteiro, incluindo as novas alterações nas USE flags. Após isto pode-se executar para remover as dependências órfãs. Quando concluído, pode ser necessário recompilar as aplicações que foram linkadas dinamicamente aos agora removidos softwares mas não os requerem mais, suporte recente para isto foi adicionado ao Portage.