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O Gentoo usa um sistema similar aos "portes" do BSD chamado Portage. O Portage é um sistema de gerenciamento de pacotes de software que permite grande flexibilidade em instalar e manter o software de um sistema Gentoo. Ele provê suporte para opções em tempo de compilação (através das "USE flags"), dependências condicionais, sumarização, pré-instalação de pacotes, instalação segura de software (através do uso da técnica de "caixa de areia" (sandboxing)), perfis de sistema, proteção de arquivo de configuração entre muitos outros recursos.