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O Portage tem a funcionalidade de remover também dependências órfãs, mas uma vez a disponibilidade de software é dinamicamente dependente, é importante primeiro atualizar completamente o sistema, incluindo as novas alterações nas USE flags. Feito isso pode-se executar para remover as dependências órfãs. Quando concluído, pode ser necessário recompilar as aplicações que foram linkadas dinamicamente aos agora removidos softwares mas não os requerem mais, suporte recente para isto foi adicionado ao Portage.