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Standardmäßig baut (kompiliert) und installiert Gentoo Systempakete aus dem Quellcode, speziell nach dem vom Benutzer gewählten Konfigurationen und Optimierungen - von denen viele nur zur "Kompilierzeit" verfügbar sind. Gentoo bietet außergewöhnlich feinkörnige Steuerung von Parametern auf niedriger Ebenen (Compiler-Flags, Wahl der Architektur, Auswahl des Basis-Subsystems, usw.), sowohl für das gesamte System als auch bei Bedarf für einzelne Pakete.