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Gentoo erlaubt viele Alternativen für core-(System)-Software, so dass die Benutzer die Installation einfach an ihre eigenen Bedürfnisse und Vorlieben anpassen können - tatsächlich hat der Benutzer fast die vollständige Kontrolle darüber, welche Pakete installiert oder ausgelassen werden. Dies ist ein wesentlicher Unterschied zu vielen anderen Distributionen, die oft um bestimmte Subsysteme herum aufgebaut sind, die nicht ersetzt werden können.