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Einige virtuelle Machinen sind als "build-only" markiert. Dies kann an bekannten Sicherheitslücken oder an der fehlenden aktiven Betreuung des Projekts liegen. Diese VMs werden von Gentoo nicht automatisch zum Ausführen von Anwendungen mithilfe von Gentoo-Launchern (run-java-tool-Skript für den Wechsel von VMs) benutzt, trotzdem sind sie noch verfügbar, da sie von einigen Pakete beim kompilieren benötigt werden. Vom Setzen solcher VMs als aktive System- oder Benutzer-VM wird dringend abgeraten. Andernfalls werden diese VMs bei der Ausführung von oder von Paketen die nicht die Gentoo Startskripte benutzen verwendet.