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Gentoo utilise un système de ports semblable à BSD appelé Portage. Portage est un système de gestion de paquets donnant une grande souplesse d'installation et de maintenance d'un système Gentoo. Il offre des options de compilation à travers la variable USE, des dépendances conditionnelles, un résumé avant installation des paquets, une installation (via un bac à sable) et désinstallation sûre des paquets, des profils système, une protection des fichiers de configuration parmi d'autres fonctionnalités.