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Gentoo verwendet ein BSD ports-ähnliches System namens Portage - ein Paketverwaltungssystem, das große Flexibilität bei der Installation, Wartung und Aktualisierung von Software ermöglicht. Portage bietet compile-time option support über USE-Flags, bedingte Abhängigkeiten, sichere Installation von Software durch Sandboxing, fallweise anpassbare Vorgaben dank Systemprofile, und Schutz von Konfigurationsdateien - neben vielen anderen Funktionen. All diese Funktionalitäten machen Gentoo zu einem sehr anpassungsfähigen Betriebssystem, dass bei Bedarf bequem an jede spezifische Anwendung angepasst werden kann, aber wenn man es in der Standardkonfiguration belässt, eine einfache, "vernünftige Standard"-Umgebung bietet.