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Einige virtuelle Machinen sind als "build-only" markiert. Dies kann an bekannten Sicherheitslücken oder an der fehlenden aktiven Betreuung des Projekts liegen. Diese VMs werden von Gentoo nicht automatisch zum Ausführen von Anwendungen benutzt. Trotzdem sind sie noch verfügbar, da sie von einigen Packete beim komplieren benötigt werden. Vom Setzen solcher VMs als aktive System- oder Nutzer-VM wird dringend abgeraten. Andernfalls werden diese VMs bei der Ausführung von oder von Packeten die nicht die Gentoo Startskripte benutzen verwendet.