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Instalando os fontes
O núcleo em torno do qual todas as distribuições são criadas é o kernel Linux. Ele é a camada entre os programas de usuários e o hardware do sistema. O Gentoo provê aos seus usuários diversos possíveis fontes do kernel. Uma listagem completa está disponível na Página de visão geral do kernel.

Para sistemas baseados em o Gentoo recomenda o pacote.

Escolha um fonte do kernel apropriado e instale-o usando o :

Isso irá instalar os fontes do kernel Linux em no qual um link simbólico chamado  estará apontando para o fonte do kernel instalado:

É chegada a hora de configurar e compilar os fontes do kernel. Há duas formas de se fazer isso:
 * 1) ou o kernel é manualmente configurado e compilado, ou
 * 2) é usada uma ferramente chamada   para automaticamente compilar e instalar o kernel Linux

Vamos explicar aqui a configuração manual como opção padrão por ser o melhor caminho para otimizar um ambiente.

Introdução
Configurar manualmente um kernel é geralmente visto como o procedimento mais difícil que um usuário Linux pode fazer. Nada mais falso -- depois de configurar algumas vezes o kernel ninguém irá se lembrar que era difícil.

Porém, uma coisa é verdade: é vital conhecer o sistema quando um kernel é configurado manualmente. A maioria das informações pode ser coletada fazendo emerge no que contém o comando  :

Uma outra fonte de informação do sistema é executar o  para ver quais módulos do kernel o CD de instalação usa pois isso pode dar dicas sobre o que habilitar.

Agora vá para o diretório dos fontes do kernel e execute. Isso irá mostrar uma tela de configuração baseada em menus.

A configuração do kernel do Linux tem muitas, muitas seções. Vamos primeiro mostrar algumas opções que devem ser ativadas (ou senão o Gentoo não irá funcionar, ou não funcionar adequadamente sem alguns ajustes). Existe também o Guia de configuração do kernel do Gentoo

Ativando as opções necessárias
Certifique-se de que todos os drivers que forem vitais para a inicialização do sistema (tais como controladores SCSI, ...) são compilados no kernel e não como módulo, ou senão o sistema não será capaz de inicializar completamente.

Em seguida selecione o tipo exato do processador. É também recomendado habilitar os recursos MCE (se disponíveis) de modo que os usuários possam ser notificados sobre quaisquer problemas de hardware. Em algumas arquiteturas (tais como a x86_64), esses erros não são impressos pelo dmesg, mas em. Isso requer o pacote.

Selecione também Maintain a devtmpfs file system to mount at /dev assim os arquivos de dispositivos críticos estarão disponíveis logo durante o processo de inicialização.

Vá agora para File Systems (Sistemas de Arquivos) e selecione suporte para os sistemas de arquivos que você usa. Não compile o sistema de arquivo que é usado como sistema de arquivo raiz como módulo, ou senão o sistema Gentoo não será capaz de montar a partição. Selecione também "Virtual memory" (Memória virtual) e "/proc file system" (sistema de arquivo /proc).

Se for usado PPPoE para conectar à Internet, ou um modem com discagem foi usado, então habilite as seguintes opções:

As duas opções de compactação não vão atrapalhar mas definitivamente não são necessárias, assim como a opção de PPP sobre Ethernet (PPP over Ethernet), que pode apenas ser usada pelo ppp quando configurado para usar PPPoE em modo kernel.

Não se esqueça de incluir suporte no kernel para as placas de rede (ethernet ou sem fio).

A maioria dos sistemas tem múltiplos núcleos à disposição, então é importante ativar a opção Symmetric multi-processing support (suporte a multi-processamento simétrico).

Se forem usados dispositivos de entrada USB (como teclado ou mouse) não se esqueça de habilitá-los também:

Opcional: Criando um initramfs
In certain cases it is necessary to build an initramfs - an initial ram-based file system. The most common reason is when important file system locations (like or ) are on separate partitions. With an initramfs, these partitions can be mounted using the tools available inside the initramfs.

Sem um initramfs, há um enorme risco de que o sistema não inicializar correctamente porque as ferramentas que são responsáveis pela montagem dos sistemas de arquivos precisam de informação que reside nesses sistemas de arquivos. Um initramfs irá puxar os arquivos necessários em um arquivo que é usado logo após o kernel inicializa, mas antes que o controle é entregue para a ferramenta de init. Os scripts sobre o initramfs, então, certifiquem-se de que as partições estejam devidamente montado antes que o sistema continua a inicialização.

To install an initramfs, install first, then have it generate an initramfs:

In order to enable specific support in the initramfs, such as lvm or raid, add in the appropriate options to. See  for more information. In the next example we enables support for LVM and software raid (mdadm):

The initramfs will be stored in. The resulting file can be found by simply listing the files starting with initramfs:

Now continue with Kernel modules.

Alternative: Using genkernel
If a manual configuration looks too daunting, then using  is recommended. It will configure and build the kernel automatically.

works by configuring a kernel nearly identically to the way the installation CD kernel is configured. This means that when  is used to build the kernel, the system will generally detect all  hardware at boot-time, just like the installation CD does. Because  doesn't require any manual kernel configuration, it is an ideal solution for those users who may not be comfortable compiling their own kernels.

Now, let's see how to use genkernel. First, emerge the ebuild:

Next, edit the file so that the line containing  as second field has the first field pointing to the right device. If the partitioning example from the handbook is followed, then this device is most likely with the ext2 file system. This would make the entry in the file look like so:

Now, compile the kernel sources by running. Be aware though, as  compiles a kernel that supports almost all hardware, this compilation will take quite a while to finish!

Once genkernel completes, a kernel, full set of modules and initial ram disk (initramfs) will be created. We will use the kernel and initrd when configuring a boot loader later in this document. Write down the names of the kernel and initrd as this information is used when the boot loader configuration file is edited. The initrd will be started immediately after booting to perform hardware autodetection (just like on the installation CD) before the "real" system starts up.

Configuring the modules
List the modules that need to be loaded automatically in. Extra options can be added to the modules too if necessary.

To view all available modules, run the following  command. Don't forget to substitute " " with the version of the kernel just compiled:

For instance, to automatically load the module (which is the driver for a specific 3Com network card family), edit the  file and enter the module name in it.

Continue the installation with Configuring the system.

Optional: Installing firmware
Some drivers require additional firmware to be installed on the system before they work. This is often the case for network interfaces, especially wireless network interfaces. Most of the firmware is packaged in :