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Seleccionar un cargador de arranque
Una vez se haya configurado el núcleo Linux configurado, instalado las herramientas del sistema y editado los ficheros de configuración, es el momento de instalar la última pieza importante de una instalación Linux: cargador de arranque.

El cargador de arranque es el responsable de arrancar el núcleo Linux en el momento del inicio. Sin él, el sistema no sabría cómo proceder cuando se pulsa el botón de encendido.

Para, documentamos cómo configurar bien GRUB2 o LILO para sistemas basados en BIOS y efibootmgr para sistemas UEFI.

Predeterminado: Usar GRUB2
Anteriormente, Gentoo Linux recomendaba como cargador de arranque lo que ahora se llama GRUB Legacy. Tal y como indica el nombre, este paquete antiguo de GRUB ya no se mantiene y ha sido sustituido por GRUB2. Para más información sobre el legado de GRUB, por favor, eche un vistazo al artículo de GRUB en el wiki de Gentoo.

Instalar GRUB2
GRUB2 se ofrece a través del paquete.

El software GRUB2 está ahora instalado en el sistema, pero no se ha activado aún.

Configurar GRUB2
A continuación, instale los archivos necesarios de GRUB2 en. Suponiendo que el primer disco (desde el que se inicia el sistema) es la siguiente orden hará esto:

A continuación, se puede generar la configuración de GRUB2 basada en la configuración de usuario especificado en el archivo  y en los guiones. En la mayoría de los casos, no se necesita ninguna configuración por parte de los usuarios ya que GRUB2 detectará automáticamente el núcleo que debe iniciar (la versión más alta disponible en ) y cuál es el sistema de ficheros raíz.

Para generar la configuración final de GRUB2, lance la orden :

La salida de la orden debe mostrar que se ha encontrado al menos una imagen de Linux, como las que son necesarias para arrancar el sistema. Si se utiliza un initramfs o se utilizó  para construir el núcleo, la imagen correcta initrd debería poder detectarse de esta forma. Si no es el caso, hay que ir a y comprobar los contenidos mediante la orden. Si los archivos no están, se debe regresar a la configuración del núcleo y a las instrucciones de instalación.

Instalar LILO
LILO, el LInuxLOader (Cargador de Linux), está de sobra probado y es el verdadero caballo de batalla de los cargadores de arranque de Linux. Sin embargo, carece de algunas características que posee GRUB. La razón por la que LILO aún se utiliza es que, en algunos sistemas, GRUB no funciona y LILO sí. Por supuesto, también se sigue utilizando debido a que algunas personas lo conocen bien y quieren seguir utilizándolo. De cualquier formar, Gentoo ofrece soporte a ambos.

Instalar LILO es muy fácil, sencillamente utilice emerge.

Configurar LILO
Para configurar LILO, en primer lugar se debe crear :

En el archivo de configuración, las secciones se utilizan para referirse al núcleo arrancable. Asegúrese de que conoce los archivos del núcleo (incluyendo su versión) y los archivos initramfs, ya que se necesita hacer referencia a ellos es el fichero de configuración.

Si se necesita un initramfs, se debe cambiar la configuración haciendo referencia al fichero initramfs e indicar al initramfs donde está la verdadera raíz:

Si se necesitan pasar opciones adicionales al núcleo, utilice una sentencia. Por ejemplo, añada la sentencia  para habilitar el framebuffer:

Los usuarios que utilizan  deberían saber que sus núcleos utilizan las mismas opciones de arranque que el CD de instalación. Por ejemplo, si se necesita ofrecer soporte para dispositivos SCSI añada  como opción del núcleo.

Ahora, guarde el archivo y salga.

Para terminar, lance  de modo que LILO pueda aplicar los ajustes definidos en  al sistema (esto es, instalarse a sí mismo en el disco). Recuerde que se necesita lanzar  cada vez que se ha instalado un nuevo núcleo o se ha realizado un cambio al fichero.

Alternativa: Usar efibootmgr
En los sistemas basados en UEFI, el cargador de arranque en sí es el firmware UEFI del sistema. Estos sistemas no necesitan cargadores de arranque adicionales para ayudar a arrancar el sistema, aunque hay cargadores de arranque basados en EFI para extender la funcionalidad de los sistemas UEFI durante el arranque.

La aplicación no es un cargador de arranque, sino una herramienta para interactuar con el firmware UEFI y actualizar su configuración, de modo que núcleo Linux que se instaló previamente se puede arrancar con opciones adicionales (si es necesario) o también para permitir múltiples entradas de arranque. Esta interacción se realiza a través de variables EFI (de ahí la necesidad de soporte de variables EFI en el pasado).

En primer lugar instale el software:

A continuación, indíquele al firmware UEFI que se va a crear una entrada en el menú de inicio llamada "Gentoo" que tiene el núcleo recién instalado:

Si se utiliza un sistema de ficheros de inicio en RAM (initramfs), añadir la opción de arranque apropiada:

Una vez realizados estos cambios, cuando el sistema se reinicie, aparecerá una entrada en el menú de inicio llamada "Gentoo".