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Gentoo Portage ツリーには -1000 という優先度が設定されます. すなわち、他のすべてのオーバーレイのほうに高い優先度が割り当てられているので、これらが先んじて処理されます. この挙動は既定の仕様です. なぜなら、オーバーレイとは、portage ツリーの上に覆い被せる (lay over/on top) ように設計されたものなのですから.