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Gentoo usa un sistema BSD a porte chiamato Portage. Portage è un sistema di gestione dei pacchetti che permette grande flessibilità mentre si installa e si gestisce il software sul sistema Gentoo. Fornisce supporto alle opzioni di compilazione (attraverso le USE flag), alle dipendenze condizionali, ai sommari di pre-installazione dei pacchetti, alle installazioni sicure (tramite le sandbox), ai profili di sistema e alla protezione dei file di configurazione tra le tante altre caratteristiche.