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En algunos casos querrá configurar, instalar y mantener programas por sí mismo sin que Portage automatice el proceso, incluso aunque Portage pueda suministrarle esos programas. Conocidos son los casos de las fuentes del núcleo y los controladores de Nvidia. Puede configurar Portage para que conozca cuando un determinado paquete ha sido instalado manualmente en el sistema. Este proceso recibe el nombre de inyectar y está soportado por Portage a través del archivo.