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Sim, mas não é trivial, nem recomendado. Uma vez que o método para fazer isso requer bom entendimento do funcionamento interno do Portage e comandos, é recomendado que você altere o ebuild para fazer o que você quiser e o coloque no em um overlay do Portage (pois é para isso que existe o overlay). Isso é "muito" melhor para a mantenabilidade e geralmente é mais facil. Veja o Ebuild HOWTO para mais informações.