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デフォルトでは、Gentoo はユーザーが選択した構成と最適化設定に特化して、システムパッケージをソースコードからビルド (コンパイル) してインストールします. これらの設定の多くは、"コンパイル時"にしか利用できないものです. Gentoo は低レベルのパラメータ (コンパイラフラグ、アーキテクチャの選択、ベースサブシステムの選択等) について並外れて細かい制御を提供していて、必要に応じてシステム全体に対しても、個別のパッケージごとにでも設定できます.